微生物肥料不能代替化肥，它與化肥是互補(bǔ)的關(guān)系�；�肥的高滲透比和復(fù)合肥加工

過程，造成微生物的大量死亡和高額的成本，都使化肥和微生物肥料不可能復(fù)合。使用微生物肥料可以減少化肥用量、增加農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)量、改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，是其主要的經(jīng)濟(jì)效益；改善土壤結(jié)構(gòu)、保護(hù)生態(tài)環(huán)境是微生物肥料社會(huì)效益的表現(xiàn)。

 有機(jī)肥具有養(yǎng)分齊全、肥效持久的優(yōu)點(diǎn)，但也有其明顯的缺點(diǎn)�；�肥養(yǎng)分濃度高，吸收快，但成分較單一或不齊全，改土效果較差。兩者配合施用，則可優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，發(fā)揮用地與養(yǎng)地的雙重作用，既提高土壤生產(chǎn)力獲得增產(chǎn)，又保持地力更新。有機(jī)、無機(jī)肥配合施用，既能減少化肥的養(yǎng)分流失，又能減輕土壤對(duì)化肥中某些營(yíng)養(yǎng)元素的固定，提高化肥利用率，從而從總體上提高養(yǎng)分的供給率。由于有機(jī)肥具有較大的陽離子交換量，因而能夠?qū)�化肥中一些易淋失的養(yǎng)分有效地吸附和保存。有機(jī)肥分解產(chǎn)少的有機(jī)酸能提高鈣鎂磷肥中遲效磷的有效性，從而提高了化肥肥效。